На базе больницы расположены клинические базы следующих учебных заведений:
ГБОУ ВПО Северо-Западный государственный медицинский университет имени И. И. Мечникова:
• кафедра эндокринологии
• кафедра оперативной и клинической хирургии с топографической анатомией
• кафедра общей хирургии
• кафедра факультетской хирургии
• кафедра акушерства и гинекологии
• кафедра оториноларингологии
• кафедра пульмонологии
• кафедра физиотерапии и медицинской реабилитации
• кафедра лучевой диагностики и лучевой терапии
• кафедра эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии
• кафедра сестринского дела с клинической практикой
• кафедра общественного здоровья и управления здравоохранением
ФГБОУ ВПО Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова
• кафедра военной травматологии и ортопедии
• кафедра военно-полевой хирургии
• вторая кафедра терапии для усовершенствования врачей
• кафедра анестезиологии и реаниматологии
Медицинский факультет ФГБОУ ВПО Санкт-Петербургский государственный университет
• кафедра общей хирургии
• кафедра нейрохирургии и неврологии
• кафедра факультетской терапии
• кафедра факультетской хирургии
• кафедра челюстно-лицевой хирургии
• кафедра акушерства и гинекологии
• кафедра госпитальной терапии
ГБОУ ВПО Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени акад. И.П. Павлова
• кафедра госпитальной хирургии
• кафедра внутренних болезней
ГБОУ ВПО Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет
• кафедра акушерства и гинекологии
• кафедра госпитальной хирургии
Также на базе Елизаветинской больницы проводится практическая подготовка по специальностям «сестринское дело» и «акушерское дело» для обучающихся в CПБ ГБОУ СПО «Акушерский колледж» и производственная практика по специальности «лабораторная диагностика» для обучающихся в ГБОУ СП «Медицинский колледж №3». ФГБОУ «СПб Санкт-Петербургский научно-исследовательский психоневрологический институт имени В.М. Бехтерева» направляет обучающихся на практическую подготовку по специальности «неврология».
В настоящее время на базе Елизаветинской больницы проводятся курсы повышения квалификации по профилю «Диетология» медицинских сестер диетических.